Từ tháng 6/1940, tại Hà Nội đã thành lập chi bộ Hoa xã Hà Nội lãnh đạo công nhân Đường sắt chống lại sự áp bức, cai trị của Thực dân Pháp. Trong những năm kháng chiến chống Pháp, Hoa xã Việt Nam đã góp phần vận chuyển hàng hoá, vũ khí, chi viện sức người, sức của cho quân và dân Nam bộ kháng chiến.
Đến năm 1955, Tổng cục Đường sắt được thành lập. Giai đoạn này, miền Bắc bước vào xây dựng kinh tế, hàn gắn vết thương chiến tranh, chi viện đắc lực cho nhân dân miền Nam đấu tranh chống Mỹ và bè lũ tay sai. Trong giai đoạn kháng chiến chống Mỹ, ga Hà Nội luôn giữ vững mạch máu giao thông Đường sắt, vận tải chi viện cho chiến trường đánh to, thắng lớn, với tinh thần: "Qua sông không cầu, chạy tàu không ga".

Năm 1972, giặc Mỹ ném bom Hà Nội, trong đó ga Hà Nội là một mục tiêu quan trọng, Đảng bộ, CBCNV ga Hà Nội đã không quản ngại vất vả, hy sinh để bảo quản và vận chuyển hàng hoá, khôi phục nhà ga, đường tàu để đảm bảo giao thông thông suốt.


Sau khi hoà bình lập lại và trong thời kỳ đổi mới, ga Hà Nội đã được xây sửa lại khang trang hơn, nhà ga đã trở thành đầu mối giao thông quan trọng vận chuyển hành khách, hàng hoá với 5 tuyến đường sắt trong nước và liên vận Quốc tế, đáp ứng nhu cầu đi lại của nhân dân Thủ đô và nhân dân cả nước.